داستان سریال عالیجناب رقابت انتخاباتی دو نامزد ریاست جمهوری است. دکتر احمد ملک پس از انجام مناظرات انتخاباتی با رقیب خود مهندس صفاریان و برگزاری انتخابات به عنوان رئیس جمهور منتخب ایران انتخاب می‌شود. تلاش او برای امضای معاهده‌ای مهم موافقان و مخالفان زیادی دارد.