داستان انیمیشن بن تن و راز سیاوش درباره بن تن است که خود و آمریکا را در معرض خطری بزرگ و عجیب می بینید و به سختی دنبال راه حل پیدا کردن این مشکل می شود، تا اینکه می فهمد اگر بخواهد جان سالم از این مهلکه بدر ببرد و آمریکا را نجات دهد باید از سیاوش قهرمان بزرگ و اسطوره ای ایران کمک بگیرد.