داستان فیلم سال دوم دانشکده من درباره مهتاب و آوا است که دانشجویان سال دوم دانشکده هستند که به اتفاق تعدادی دیگر از همکلاسی‌هایشان برای یک سفر چند روزه دانشجویی از تهران به اصفهان میروند.