داستان فیلم نهنگ عنبر 2 درباره زنی به اسم نسرین است که از شوهرش می گیرد ولی نمی تواند دختر شش ساله‌اش را از شوهرش بگیرد زندگی اش را جمع می کند و بی اطلاع شوهر به گوشه ای از شهر پناه می برد.